1957 году принц Монако Ренье предлагает Кусто стать директором знаменитого Океанографического музея княжества. Тот принимает предложение, и это превосходно устраивает обе стороны: государство с выгодой использует кинематографическую известность исследователя Кусто, а Жак Ив может поздравить себя с назначением на научную должность.
На самом деле, он никогда не называл себя ученым, но действовал и вел себя так, как будто был им. Достаточно послушать иные его выступления и комментарии в авторских фильмах, чтобы в этом убедиться. Такое положение вещей несколько раздражало некоторых настоящих ученых. Впрочем, они не имели такого практического подводного опыта, как Кусто.
Нахождение Кусто во главе Океанографического музея мало сказалось на жизнедеятельности уважаемой организации. Жака Ива не часто можно было застать в своем служебном кабинете: он свято соблюдал условие, поставленное при назначении на должность, - сохранять за собой свободу действия во всем, что касалось остальной его деятельности. Так, он предоставит возможность замещать себя Жану Алину, а затем и Филиппу Роу позволяя им решать текущие вопросы, но никогда не передаст полномочий на разрешение принципиальных проблем.
Он оставит свой пост лишь в 1989 году, через 32 года после того, как обосновался в княжестве.
